Introducción a la Genómica Microbiana y Metagenómica

Introducción a la Genómica Microbiana

• Panorama general de la genómica y la metagenómica microbiana.
• Tecnologías de secuenciación y diseños de estudio típicos.
• Formatos de archivo clave y organización de datos.

Control de Calidad y Preprocesamiento

• Evaluación de la calidad de las lecturas y recorte.
• Eliminación del huésped y detección de contaminación.
• Normalización de lecturas y consideraciones posteriores.

Enfoques de Perfilado Taxonómico

• Perfilado basado en marcadores con MetaPhlAn.
• Métodos basados en k-mers y clasificación con Kraken2 y Bracken.
• Comparación de salidas de perfilado y visualización.

Ensamblaje de Metagenomas y Binning (panorama general)

• Estrategias de ensamblaje y uso de SPAdes.
• Conceptos de binning de contigs y herramientas comunes (resumen breve).
• Evaluación de la calidad y completitud del ensamblaje.

Anotación de Genomas y MLST

• Anotación de genomas con Prokka.
• Realización de MLST e interpretación de tipos de secuencia.
• Generación de informes para compartir resultados.

Detección de SNPs y Filogenética

• Flujos de trabajo de detección de SNPs basados en mapeo con Snippy.
• Construcción de árboles filogenéticos con IQ-TREE.
• Visualización e interpretación de árboles con iTOL.

Resistencia Antimicrobiana y Perfilado Funcional

• Detección de genes de resistencia antimicrobiana con AMRFinderPlus, CARD y ResFinder.
• Perfilado funcional y resúmenes de vías.
• Informes de resistencia y anotaciones funcionales.

Flujos de Trabajo Reproducibles y Mejores Prácticas

• Uso de Conda, Docker y plantillas de pipelines para garantizar la reproducibilidad.
• Gestión de datos, estándares de metadatos y principios FAIR.
• Escalado de análisis con recursos en la nube y notebooks.

Estudios de Caso y Laboratorios Prácticos

• Análisis de amplicones 16S/18S desde lecturas crudas hasta tablas taxonómicas.
• Perfilado metagenómico y análisis comparativo entre muestras.
• Ensamblaje de genomas, anotación, filogenia basada en SNPs e informes de resistencia antimicrobiana.

Resumen y Próximos Pasos